La Chiesa di S. Mercurio fu ricostruita nel 1630, nello stesso posto dove era quella che per essere quasi distrutta dal terremoto fu demolita: fu consacrata da Monsignor Tria il 18 novembre 1728. Anch'essa è a tre navate, di ordine toscano e di tanta perfezione, afferma Tria, che in tutta la diocesi non ve ne è una eguale. Più ampia e lunga di S. Maria ha di molto pregevole il Capo Altare,che dicono essere in oro zecchino. Prima esso era immediatamente dietro all'altare maggiore, poi fu situato a ridosso della parete ultima del coro dove attualmente trovasi. Nel 1998 è stato restaurato ed ora è l'incanto di tutta la chiesa.
  Nella Chiesa riunivasi una volta la Confraternita del Sacramento, che vestiva sacchi bianchi e mozzetta rossa: il Priore era eletto dai confratelli laici e secolari.
  Anche qui parecchi altari erano patronali: quello di S. Michele apparteneva alla famiglia Stanziano; quello di S. Filippo a Niccolò d'Errico, da Bovino, Notaro; quello dell'Addolorata a D. Salvatore Simonetti; quello di S. Maria delle Grazie prima alla famiglia Stella poi ai Cannavaro di Lucera; quello della Madonna del Carmine alla famiglia Carrieri, e l'altro di S. Gaetano ai Paramente.
  Si conservano molte reliquie e un pezzo di guancia di S. Biagio, nonché pezzi di ossa di S. Lucia, di S. Mercurio, di S. Pardo, di S. Tommaso Apostolo, e pezzi di precordi di S. Filippo Neri.
  Le sepolture che prima vi erano furono trasportate nel Cimitero. La Chiesa fu abbellita con stucchi e pavimento di Faenza nel 1801: anche ora si vede qualche residuo delle antiche mattonelle. Su, in alto, vi è un bel distico, che dicesi dettato dal canonico Samuele, di cui dura la fama come buon latinista:

Ista Dei Domus Est, Oh Quam Metuenda: Silete.
Ommnipotens Habitat, Quaeque Nefanda Procu!

S. Mercurio è il vero protettore di Serracapriola, ma non ha troppi fedeli ed ammiratori: anchela Chiesa, benché più ampia e più bella, non è molto frequentata, forse per la sua posizione un po' fuori mano.
 Si aveva una statua in argento del Taumaturgo, fatta nel 1762 dal Canonico Samuele ma essa fu rubata il 23 Nov 1873 e d'allora venne sostituita con altra di legno dorata. La cupola fu accomodata per ben due volte a spese del Comune nel 1882 e nel 1908, ma non fu ultimato il prospetto che anche ora è incompleto.
 Nell'ambito del paese vi sono inoltre la Congrega dei Morti, quella di S. Anna e la Chiesa di S. Angelo.
 La prima, situata vicino alla porta che un tempo esisteva ed era detta di basso o di S. Mercurio, accoglieva la Confraternita chiamata una volta del Purgatorio o di S. Antonio Abate: vestivano e vestono anche ora sacchi bianchi e mozzetta nera. Ha rendite proprie, è amministrata da un Priore elettivo, per cui spesso vi è lotta non certo edificante, ed è sottoposta alla tutela della Commissione Provinciale di Beneficenza. Il locale non è molto ampio, e per di più è abbastanza umido ed oscuro: in questi giorni si agita una grave disputa fra i confratelli, dei quali alcuni vorrebbero cambiar sede ed altri, più conservatori o attaccati alle tradizioni, restare dove si trovano.
 Più tranquille sono le acque nella Congregazione di S. Anna, dove la mozzetta è celeste. Ai tempi di Tria essa non era che una cappella dell'ospedale, il quale era situato nelle case sporgenti in piazza ed appartenenti alla Congrega di Carità. "Lo Spedale, scrive Tria, è ben formato colle stanze bastanti a ricevere i poveri e i pellegrini". Poi fu chiuso: si tentò di riaprirlo ed ampliarlo verso il 1802 col cemento residuo della Chiesetta diruta di S. Rocco (Fraccacreta).